É válido comparar micro e pequenas empresas com as grandes empresas de capital aberto para fins de avaliação? Existe alguma diferença de metodologia de avaliação para estas específicas?

Comparar como? Com que fim?

A principal diferença na avaliação é que normalmente a margem para erro é um pouco menor, pois empresas menores tendem a ser menos estáveis. Outro fator é que normalmente tem menos gente analisando essas empresas, logo menos analises de terceiros para servir de suporte a sua tese de investimento.

Outro fator é que você deve estar preparado para mais volatilidade, devido a menor liquidez. Dito isso, o ideal é não se importar com a volatilidade, então pouco importa.