Como comparar e o quanto alocar em empresas de setores totalmente diferentes, sendo ambas boas compras?

Isto é mais arte do que qualquer outra coisa.

Tente entender se as duas empresas possuem características similares (empresas maduras, small caps, cíclicas) e aí você terá uma referência.

Mas o melhor caminho é inseri-las dentro do seu portfólio e ver como fica a diversificação variando a exposição em cada uma delas. Isto deve ajudar.